เมื่อโยเซฟได้เสียชีวิตลง เมื่อมีอายุได้เพียง 110 ปี ร่างของโยเซฟได้ถูกทำพิธีตามประเพณีของอียิปต์ด้วยการอาบยาศพแล้วก็บรรจุศพไว้ในโลง(ปฐมกาล 50:22-26) กาลเวลาต่อมาหลายปี ฟาโรห์แห่งอียิปต์ก็ไม่ได้รู้จักโยเซฟและเล็งเห็นว่า ชาวฮีบรูที่มาอาศัยในแผ่นดินอียิปต์มีจำนวนมากขึ้นและเกรงกลัวว่าจะเป็นภัยต่อประเทศ จึงได้แยกฮีบรูให้ไปอยู่อีกอาณาเขตหนึ่งห่างจากพวกตน และลดฐานะให้เป็นทาส แล้วเกณฑ์แรงงานไปใช้ในการก่อสร้างพีระมิด อีกทั้งปริมาณประชากรของชาวฮีบรูได้เพิ่มขึ้นอย่างรวดเร็ว ทำให้ฟาโรห์ต้องมีคำสั่งให้ประหารชีวิตเด็กเกิดใหม่เป็นจำนวนมาก การกดขี่ข่มเหงของอียิปต์ได้สร้างความทุกข์ใจต่อชาวฮีบรูเป็นอย่างมากและได้อ้อนวอนต่อพระเจ้าให้มาปลดปล่อยพวกตนกลับไปยังแผ่นดินคานาอันที่จากมาหลายปี จนกระทั่งพระเจ้าได้ส่งโมเสสมาปลดปล่อยเหล่าฮีบรูให้พ้นจากการเป็นทาสและเดินทางกลับสู่แผ่นดินคานาอันได้ในที่สุด

ในช่วงระหว่างการอพยพของชนชาติอิสราเอล พวกเขาได้รำลึกถึงคำสั่งเสียก่อนตายของโยเซฟว่า ถ้าออกจากอียิปต์ได้แล้ว ให้นำกระดูกของเขากลับไปด้วย ดังนั้นโมเสสจึงได้นำกระดูกของโยเซฟติดตัวมาด้วย(อพยพ 13:19) กระดูกของโยเซฟได้ถูกฝังไว้ที่เชเคม(Shechem) ในผืนแผ่นดินที่ซึ่งยาโคปสืบเชื้อสายมาจากบุตรแห่งฮาโมร์(โยชูวา 24:32) ซึ่งสืบเนื่องกันมาว่าเป็นที่ตั้งหลุมฝังศพของโยเซฟก่อนที่ยาโคปและครอบครัวทั้งหมดจะย้ายไปยังอียิปต์ เชเคมอยู่ในดินแดนที่โยชูวาจัดสรรให้แก่เผ่าเอฟราอิม ซึ่งเป็นหนึ่งในเผ่าวงศ์ตระกูลโยเซฟ ภายหลังจากการพิชิตแผ่นดินคานาอัน